劇情簡介

數年前，人類以超級戰艦「轟天號」，在南極擊潰「哥斯拉」，並且將「哥斯拉」封印在地底下。但是地球除了「哥斯拉」以外，還有許許多多的怪獸，對各大人類都市虎視眈眈。於是，人類成立了「地球防衛部」，專門對付各種怪獸的入侵。而地球防衛部最強大的成員，就是當年封印哥斯拉的「轟天號」以及其艦長「道格拉斯·戈登上校」。
此外，為了應付怪獸對人類造成的困擾，地球防衛部特別甄選了有特殊能力的人類，這些「超人類」擁有普通人類所沒有的「M染色體」，讓這些人類擁有比普通人更強大的體能跟敏捷性，以應付怪獸的攻擊，其中的佼佼者就是「尾崎真一少尉」。
就在不久之前，人們挖到一個巨大怪物的遺骸，而且怪物擁有機械跟生物的本質，懷疑能夠將生物跟機械結合起來的怪物應該來自於外太空。不久，尾崎真一收到來自嬰兒島「小美人」的警告，這個怪物是當年被「魔斯拉」給封印的「蓋剛」，蓋剛的出現代表着人類的危機。
就在蓋剛出土不久，世界各地突然在同一時間，遭受到了各大怪物的攻擊，一時之間讓地球防衛部忙的焦頭爛額。但是突然出現的神秘飛行器，卻將這些怪物全部都帶走。這些自稱「X星人」的外星來訪客，聲明自己是人類的朋友，要跟人類建立起同盟關係，更聲稱有一個巨大的星球即將撞上地球。但是在尾崎真一還有道格拉斯等人的調查之下，發現根本就沒有神秘星球要撞擊地球。而那些怪獸根本就是外星人侵略地球所釋放的，X星人根本是要把人類當作糧食來利用。
雖然外星人的真面目被揭穿，但是外星人擁有不可思議的超能力，還有手下聽命於外星人的巨大怪物。地球防衛軍最後被殲滅，只剩下轟天號還苟延殘喘著。此時，道格拉斯想出一個大膽的計策，就是解開南極哥斯拉的封印，讓代表地球最強大怪物的哥斯拉，去面對這些外星來的侵略者....