劇情簡介

一顆巨大隕石落入太平洋的小笠原海溝，驚醒了在海底沉睡中的哥斯拉，也造成南洋地區發生了巨大的颱風，使地球反常的氣候加劇。而在遭到颱風侵襲造成重大損害的，位於菲律賓群島附近的聖嬰島，透過衛星照片判讀證實了出現了巨大的物體。寶藏獵人藤本受政府的委託率團前往聖嬰島調查，在當地目睹了魔斯拉的卵和兩個名為Cosmos(大波斯菊)的小美人姐妹。而擁有該島主權的丸友商事，也做出了將卵運回日本的決定。
但是，聖嬰島小美人姐妹卻向眾人警告巴特拉即將出現的危機。也在此同時，自北海冰河深處甦醒的巴特拉幼蟲甦醒並侵入日本，在破壞了名古屋市區之後消失於地底。而運送魔斯拉的卵的輸送船也在太平洋上遭遇哥斯拉的攻擊，從卵中孵化出來的魔斯拉幼蟲則以口吐的白絲應戰～隨後因為巴特拉幼蟲的出現而展開三方混戰。混戰之中，哥斯拉與巴特拉幼蟲一路纏鬥到海底，最後雙雙於噴出的熔岩之中消失了身影。另一方面，魔斯拉幼蟲因為要討回被帶往日本的小美女姐妹而直接登陸東京，並在國會議事堂進行繭化，變化為成蟲型態。同時，在劇烈地震後，富士山也發生火山爆發，哥斯拉再度出現。
在飛舞而降的魔斯拉面前，進化為成蟲的巴特拉也再度現身，並與魔斯拉在橫濱的未來港上空展開纏鬥。隨後出現的哥斯拉也加入這場戰局，使得橫濱變成對決的最終戰場……