劇情簡介

打敗機械哥斯拉以後，哥斯拉帶着嬰兒哥斯拉來到在南太平洋的巴斯島上，並且將這塊孤立的土地當做牠們的家。一年後，一顆奇怪的隕石從天空掉在島上，觸發了一連串不尋常的事。從隕石裏長出的神秘水晶形成火山口狀，無數謎樣的水晶體隨着一種奇異的能量開合。
Ｇ部隊為了打敗哥斯拉，同時進行了兩個計劃，分別為可以打敗哥斯拉的新型戰鬥兵器「機械土龍」(M.O.G.E.R.A.)為主的「Ｍ計劃」，與透過精神控制操控哥斯拉的行動的「Ｔ計劃」，對於「擊潰哥斯拉」這件事抱持着強烈熱情的Ｇ部隊隊員結城，打着以小哥斯拉為誘餌引出哥斯拉的計劃而佈置了無數陷阱與地道。此時，為了支援Ｔ計劃而來到島上的新城功二與佐藤清志，在島的中央處發現了無數謎樣的水晶體林立，展開調查。另一方面，超能力者三枝未希則接到了化身為精靈魔斯拉型態的小美人姐妹傳來的，帶有不吉祥意味的訊息。
正當Ｇ部隊因為完成機械土龍而熱血沸騰的當下，以地球為目標的巨大怪獸卻正急速逼近這隻怪獸的真實身分，是由飛散到宇宙的Ｇ細胞產生變異而誕生的宇宙怪獸：太空哥斯拉。然而完全不知道此事，卻因為意圖把Ｔ計劃私用而被除名的大久保博士，卻於此時綁架了身為整個計劃核心人物的未希....
為了阻擋太空哥斯拉G部隊出動機械土龍，卻被輕鬆打敗，降落到巴斯島上的太空哥斯拉，也在首次與哥斯拉的對峙中以強橫的實力壓倒哥斯拉，並使用結晶體把小哥斯拉給制伏。此後太空哥斯拉並對日本各地發動攻擊，最後選定了福岡作為登陸地點。回到日本的新城功二等人，將與大久保勾結的組織一網打盡，救出受困的未希。而完成改修、強化，並以太空哥斯拉為首要目標再次出戰的機械土龍，以及從鹿兒島灣登陸北上的哥斯拉，與太空哥斯拉三者在福岡進行決戰舞台。